Unutarnje ustrojstvo HZPSS-a:

Shematski prikaz unutarnjeg ustrojstva HZPSS-a

• URED RAVNATELJA
• SAMOSTALNI ODJEL ZA UNUTARNJU REVIZIJU
• SLUŽBA ZA SAVJETODAVNI I STRUČNI RAD
• SLUŽBA ZA POLJOPRIVREDNO KNJIGOVODSTVO, INFORMIRANJE I IZDAVAŠTVO
• SLUŽBA ZA PRAVNE, FINANCIJSKE, INFORMATIČKE I OPĆE POSLOVE.

• ODJEL ZA STOČARSTVO
• ODJEL ZA HORTIKULTURU
• ODJEL ZA ZAŠTITU BILJA
• ODJEL ZA RATARSTVO
• ODJEL ZA AGROEKONOMIKU
• ODJEL ZA MEHANIZACIJU
• ODJEL ZA SELO I RURALNI RAZVOJ 
• ODJEL ZA AGROOKOLIŠ
• ODJEL ZA  INTEGRIRANU I EKOLOŠKU POLJOPRIVREDU
• ODJEL ZA RIBARSTVO
• ODJEL ZA POLJOPRIVREDNO KNJIGOVODSTVO
  - Odsjek za organizaciju i provedbu istraživanja iz poljoprivrednog knjigovodstva
  - Odsjek za informatički sustav poljoprivrednog knjigovodstva
  - Odsjek za analize, izvješćivanje i izdavaštvo poljoprivrednog knjigovodstva
•   ODJEL ZA INFORMIRANJE I IZDAVAŠTVO
  - Odsjek za informiranje
  - Odsjek za izdavaštvo
•   ODJEL ZA PRAVNE, KADROVSKE I OPĆE POSLOVE
  - Odsjek za pravne i kadrovske poslove
  - Odsjek za opće poslove i pisarnicu
• ODJEL ZA FINANCIJE, RAČUNOVODSTVO I NABAVU
  - Odsjek za financijsko-planske poslove i riznicu
  - Odsjek za računovodstvene poslove i nabavu
• ODJEL ZA INFORMATIKU
  - Odsjek za razvoj informatičkog sustava
  - Odsjek za održavanje informatičke opreme

Na području Republike Hrvatske nalazi se 21 područni odjel HZPSS-a organiziran po županijama.